Ich würde ja einfach den Flughafen nehmen, der von dir am einfachsten/komfortabelsten zu erreichen ist.
Bisher geht es bei solchen langen Flügen in der regel vom "Heimatflughafen" zum "Hub" der jeweiligen Airline(von dort starten die Langstreckenflüge der Airlines gesammelt) und von dort geht es weiter zum Ziel gemeinsam.
Wenn das Hub natürlich z.B. Frankfurt ist, haben die Leute in Frankfurt "Glück" und einen bzw. 2 Flüge weniger.
Bei der Japan Reise kann es natürlich aufgrund des Südkorea AddOns etwas anders aussehen, je nachdem wieviele Leute wann/wo dazu stoßen.