Fujiyoshida hat leider keine gute Zuganbindung und der schnellste Weg ist tatsächlich mit dem Highway Bus, der dir auch in Google Maps angezeigt wird. Die Highway Busse sind wie Fernbusse, somit ziemlich komfortabel. Laut der
Japan Rail Pass Website sind die Highway Busse nicht im JR Pass enthalten, der Bus kostet allerdings nur 2000¥. Ich würde dir empfehlen, das Ticket
online zu kaufen oder frühzeitig am Bahnhof zu sein und das Ticket am Schalter zu kaufen. Ich glaube du kannst auch im Bus selber mit deiner IC Karte bezahlen, ich bin mir allerdings nicht mehr sicher und bin einmal in die Situation gekommen, dass der letzte Highway Bus des Tages schon einige Zeit vor Abfahrt ausverkauft war.
Die Information im genannten Blog scheint mir nicht ganz zu stimmen. Wenn ich das richtig sehe, kommst du mit JR Linien nur bis Otsuki und musst dann von dort die private Fujikyuko Line nehmen, die kostet dafür nur 1161¥. Allerdings musst du ab Tokyo Station zweimal umsteigen und bist fast eine Stunde länger unterwegs. Da würde ich für <7€ mehr eher zum Highway Bus raten, der sowohl von Tokyo Station, als auch von Shinjuku Station abfährt.
Ich würde auch nochmal grob nachrechnen, ob sich der Japan Rail Pass wirklich lohnt. Das tut er nämlich meistens nur, wenn du in relativ kurzer Zeit sehr viel Shinkansen fahren möchtest. Für die Metros der einzelnen Städte, sowie für die meisten Busse, ist er nämlich nicht gültig, sondern nur für Züge, die von JR betrieben werden und die sind, abgesehen vom Shinkansen, meist recht günstig. Wenn du nur 1-2 Fahrten mit dem Shinkansen machen möchtest, z.B. zwischen Osaka und Tokyo oder länger an einem Ort bleibst, könnte es günstiger sein, alle Fahrten einzeln zu bezahlen.